Zinc-finger nucleases, TALEN, and CRISPR/Cas metody modifikace genomu
Archiv štítku: DNA
DNA od začátku
Děti se podobají rodičům. Proč a jak funguje DNA a genetika?
23andMe
23andMe je firma poskytující genové analýzy (DNA testy) a genealogické informace přímým spotřebitelům.
Za 99$ poskytují genealogické informace a surová data obsahující individuální SNP pro další analýzu. 23andMe využívá služeb LabCorp a čip Illumina HumanOmniExpress-24 format, který poskytuje data o 733 tisících standardních a dalších 200 tis. individuálně připravených SNP pro 23andMe.
Soudní případ 23andMe vs Lisa Casey
Data lze získat ve formátu textového souboru s cca 900 tis. řádky:
id snp = rs (reference SNP id) / číslo chromozomu / pozice / genotyp
např.
rs4477212 1 82154 AA
Extrakce DNA
Extrakce DNA názorně na slidech
Extrakce DNA doma pomocí chemikálií běžně dostupných v domácnostech.
Extrakce DNA wiki
qPCR – Real time PCR
Základy qPCR
Jak nastavit qPCR experimenty?
Co se dá dělat s qPCR
qPCR od Chai Bio za 1999USD
Enzym p53 a poškození DNA
Identifikace rakoviny pomocí mikro RNA
Přístroj, který ze vzorku krve včas odhalí rakovinu. Vyrábí ho firma Miroculus. Funguje na principu srovnání vzorku krve s databází mikroRNA, které signalují rakovinu. Vzorky mikroRNA jsou uloženy v jednotlivých buňkách elektronickédesky (microRNA Profiling Assay).
Next generation sequencing
NGS videa
BGI America Human Exome sequencing Coverage (100X) for $599/sample
Co je to? Word of day
Raindance Technologies is developing new “liquid biopsy” systems using tiny droplets separated by oil to analyze DNA.
Přenos látek v buňce
Beta barrel protein
Póry v jádru buňky
Nanopore sequencing přes pory Mycobacterium smegmatis (University of Washington).
OpenPCR
OpenPCR za 599 USD vyrábí a dodává ChaiBio
Co je to PCR?
MiniPCR Mini-8 8 x 0.2 mL PCR tubes, 599USD
Čtvrtletník BioCoder od DIY Bio
Gelová elektroforéza
Gelová elektroforéza Wiki
Rozdíl mezi běžným a žraločím hřebenem
OpenWetWare Open gel box
K označení DNA po gelové elektroforéze lze využít osvětlení modrým světlem (bez narušení jako u UV světla) Pearl Biotech Blue Transluminator v ceně 299USD
- Možné barvy
- SYBR Safe
- SYBR Green I
- GelGreen
- GRSafe
- Ethidium Bromide
Přehled a vlastnosti barev na zvýraznění DNA
Srovnání iluminátorů od různých dodavatelů
Boxy na elektroforézu Thermo scientific, Alibaba NanBei
DNA databáze
Iniciativa propojující genové databanky International Nucleotide Sequence Database Collaboration
Japonská DNA Databanka
Volně dostupná data z medicínských výzkumů European Bioinformatics Institute
National Center for Biotechnology Information informační videa
Vzorky bakterií, plísní a virů ATCC ATCC Wikipedia. ATCC je soukromá nezisková organizace zaměřená na uchování biologických vzorků.
SNPs – single nucleotide polymorfismus
SNPedia databáze zjištěných SNP a jejich výskyt v literatuře.
Promethease jednoduchý způsob analýzy SNP např. z dat od 23 and me.
Nástroje pro analýzu surových dat z 23andMe, AncestryDNA nebo Family Tree DNA Family Finder testů.
Human proteome project bílkoviny, enzymy, protilátky.
BEI Resources – bezplatná databáze vzorků virů, bakterií pro výzkum.
Mybiosource.com dodavatel protilátek a ELISA kitů
Biocompare nákupní portál pro humánní medicínu